Prestasi empat ujian amplifikasi asid nukleik untuk mengenal pasti SARS-CoV-2 di Ethiopia

Terima kasih kerana melawat Nature.com. Anda menggunakan versi penyemak imbas dengan sokongan CSS terhad. Untuk pengalaman terbaik, kami mengesyorkan agar anda menggunakan penyemak imbas yang dikemas kini (atau lumpuhkan Mod Keserasian dalam Internet Explorer). Di samping itu, untuk memastikan sokongan berterusan, kami menunjukkan tapak tanpa gaya dan JavaScript.
Memaparkan karusel tiga slaid serentak. Gunakan butang Sebelum dan Seterusnya untuk bergerak melalui tiga slaid pada satu masa, atau gunakan butang gelangsar pada penghujung untuk bergerak melalui tiga slaid pada satu masa.
Sejak wabak penyakit koronavirus (COVID-19) 2019, banyak ujian penguatan asid nukleik komersial (NAAT) telah dibangunkan di seluruh dunia dan telah menjadi ujian standard. Walaupun beberapa ujian telah dibangunkan dengan cepat dan digunakan untuk ujian diagnostik makmal, prestasi ujian ini belum dinilai dalam pelbagai tetapan. Oleh itu, kajian ini bertujuan untuk menilai prestasi ujian Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, dan Sansure Biotech menggunakan Piawaian Rujukan Komposit (CRS). Kajian itu dijalankan di Institut Kesihatan Awam Ethiopia (EPHI) dari 1 hingga 30 Disember 2020. 164 sampel nasofaring telah diekstrak menggunakan kit mini RNA QIAamp dan sistem penyediaan sampel DNA Abbott. Daripada 164 spesimen, 59.1% adalah positif dan 40.9% adalah negatif untuk CRS. Positiviti Sansure Biotech adalah rendah dengan ketara berbanding CRS (p <0.05). Positiviti Sansure Biotech adalah rendah dengan ketara berbanding CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Keputusan positif Sansure Biotech adalah jauh lebih rendah berbanding dengan CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech mempunyai keputusan positif yang jauh lebih sedikit berbanding CRS (p <0.05).Persetujuan keseluruhan empat analisis adalah 96.3-100% berbanding CRS. Sebagai tambahan kepada kadar positif rendah ujian Sansure Biotech, prestasi empat ujian adalah hampir setanding. Oleh itu, ujian Sansure Biotech [Penyelidikan Sahaja (RUO)] memerlukan pengesahan tambahan untuk penggunaannya di Ethiopia. Akhir sekali, penyelidikan tambahan harus dipertimbangkan untuk menilai ujian dengan tuntutan pengeluar yang sesuai.
Ujian makmal adalah sebahagian daripada Pelan Strategik Pertubuhan Kesihatan Sedunia (WHO) untuk Kesediaan dan Tindak Balas (SPRP) Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19). WHO menasihatkan bahawa negara perlu membina kapasiti makmal untuk meningkatkan kesiapsiagaan, pengurusan kes yang betul, kewaspadaan dan tindak balas pantas terhadap cabaran kesihatan awam. Ini menunjukkan bahawa peranan makmal adalah kunci untuk mencirikan penyakit dan epidemiologi agen berjangkit yang baru muncul dan mengawal penyebarannya.
Diagnosis COVID-19 memerlukan maklumat epidemiologi dan perubatan, gejala/tanda peribadi, dan data radiografi dan makmal2. Sejak wabak COVID-19 dilaporkan di Wuhan, China, banyak ujian amplifikasi asid nukleik komersial (NAAT) telah dibangunkan di seluruh dunia. Tindak balas rantai polimerase transkripsi terbalik masa nyata (rRT-PCR) telah digunakan sebagai kaedah rutin dan standard untuk diagnosis makmal jangkitan sindrom pernafasan akut teruk 2 (SARS-CoV-2)3. Pengesanan molekul SARS-CoV-2 biasanya berdasarkan gen N (nukleokapsid protein), E (gen protein sampul surat) dan gen RdRp (gen RNA polimerase RNA yang bergantung kepada RNA) dalam ORF1a/b (bingkai bacaan terbuka 1a/b) . gen) rantau yang dikenal pasti daripada genom virus. Ia dianggap sebagai kawasan terpelihara utama yang terdapat dalam genom virus untuk pengecaman virus4. Antara gen ini, gen RdRp dan E mempunyai sensitiviti pengesanan analitikal yang tinggi, manakala gen N mempunyai sensitiviti analitik yang rendah5.
Prestasi ujian PCR mungkin berbeza bergantung kepada pelbagai faktor seperti: reagen pengekstrakan, reagen penguatan/pengesan, kaedah pengekstrakan, kualiti mesin PCR dan instrumen lain. Sehingga April 2020, lebih daripada 48 peranti diagnostik berbeza dari sembilan negara telah menerima Kebenaran Penggunaan Kecemasan (EUA) untuk diagnostik COVID-196. Di Ethiopia, lebih daripada 14 platform PCR masa nyata digunakan untuk pengesanan PCR SARS-CoV-2 di 26 institusi kesihatan awam, termasuk ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 dan Quant-studio7. Selain itu, pelbagai kit ujian PCR tersedia, seperti ujian Daan Gene, ujian Abbott SARS-CoV-2, ujian Sansure Biotech dan ujian BGI SARS-CoV-2. Walaupun rRT-PCR sangat sensitif, sesetengah pesakit dengan COVID-19 melaporkan keputusan negatif palsu kerana salinan asid ribonukleik virus (RNA) yang tidak mencukupi dalam sampel disebabkan pengumpulan, pengangkutan, penyimpanan dan pengendalian yang tidak betul dan ujian makmal. keadaan dan tindakan kakitangan8. Selain itu, sampel atau kawalan salah pengendalian, tetapan ambang kitaran (Ct) dan kereaktifan silang dengan asid nukleik patogen lain atau RNA SARS-CoV-2 yang tidak aktif/sisa boleh membawa kepada keputusan positif palsu dalam ujian rRT-PCR9. Oleh itu, adalah jelas bahawa ujian PCR sememangnya boleh mengenal pasti pembawa serpihan gen, kerana mereka tidak dapat membezakan antara gen virus yang benar-benar aktif, jadi ujian hanya boleh mengenal pasti pembawa dan bukan pesakit10. Oleh itu, adalah penting untuk menilai prestasi diagnostik menggunakan kaedah standard dalam tetapan kami. Walaupun banyak reagen NAAT boleh didapati di Institut Kesihatan Awam Ethiopia (EPHI) dan di seluruh negara, tiada penilaian perbandingan keberkesanannya belum dilaporkan. Oleh itu, kajian ini bertujuan untuk menilai prestasi perbandingan kit yang tersedia secara komersial untuk pengesanan SARS-CoV-2 oleh rRT-PCR menggunakan spesimen klinikal.
Seramai 164 peserta yang disyaki COVID-19 telah dimasukkan dalam kajian ini. Majoriti sampel adalah dari pusat rawatan (118/164 = 72%), manakala baki 46 (28%) peserta adalah dari pusat bukan rawatan. Antara peserta yang tidak dirawat di pusat, 15 (9.1%) mempunyai kes yang disyaki secara klinikal dan 31 (18.9%) mempunyai kenalan kes yang disahkan. Sembilan puluh tiga (56.7%) peserta adalah lelaki, dan umur purata (± SD) peserta ialah 31.10 (± 11.82) tahun.
Dalam kajian ini, kadar positif dan negatif bagi empat ujian untuk COVID-19 telah ditentukan. Oleh itu, kadar positif ujian Abbott SARS-CoV-2, ujian Daan Gene 2019-nCoV, ujian BGI SARS-CoV-2 dan ujian Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing adalah 59.1%, 58.5%, 57.9% dan 55.5%. . Skor standard rujukan komposit (CRS) positif dan negatif ialah 97 (59.1%) dan 67 (40.9%), masing-masing (Jadual 1). Dalam kajian ini, takrifan CRS adalah berdasarkan peraturan "sebarang positif", di mana daripada empat keputusan ujian, dua atau lebih keputusan ujian yang memberikan keputusan yang sama dianggap positif atau negatif benar.
Dalam kajian ini, kami mendapati perjanjian peratusan negatif (NPA) sebanyak 100% (95% CI 94.6-100) untuk semua analisis berbanding CRS. Analisis Bioteknologi Sansure menunjukkan PPA minimum 93.8% (95% CI 87.2-97.1) dan analisis Daan Gene 2019-nCoV mempunyai persetujuan keseluruhan 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Sebaliknya, persetujuan keseluruhan antara ujian BGI SARS-CoV-2 dan ujian Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing adalah 98.8% dan 96.3% (Jadual 2).
Pekali persetujuan kappa Cohen antara CRS dan keputusan ujian Abbott SARS-CoV-2 adalah konsisten sepenuhnya (K = 1.00). Begitu juga, nilai kappa Cohen yang dikesan oleh Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, dan Sansure Biotech 2019-nCoV juga konsisten sepenuhnya dengan CRS (K ≥ 0.925). Dalam analisis perbandingan ini, ujian khi kuasa dua (ujian McNemar) menunjukkan bahawa keputusan ujian Sansure Biotech 2019-nCoV adalah berbeza dengan ketara daripada keputusan CRS (p = 0.031) (Jadual 2).
Seperti yang ditunjukkan dalam Rajah.1 peratusan nilai Ct terendah (< 20 Ct) ujian Abbott SARS-CoV-2 (gen RdRp dan N gabungan) ialah 87.6% dan nilai Ct gen ORF1a/b bagi ujian Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan bahawa peratusan rendah Nilai Ct (< 20 Ct) ialah 50.3% dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) ialah 3.2%. 1 peratusan nilai Ct terendah (< 20 Ct) ujian Abbott SARS-CoV-2 (gen RdRp dan N gabungan) ialah 87.6% dan nilai Ct gen ORF1a/b bagi ujian Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan bahawa peratusan rendah Nilai Ct (< 20 Ct) ialah 50.3% dan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) ialah 3.2%.Seperti yang ditunjukkan dalam Rajah.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, гена ORF на 1 анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50.3%, а высокое значение Ct лал) . 1, peratusan analisis nilai Ct terendah (< 20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 (gen gabungan RdRp dan N) ialah 87.6%, dan nilai Ct analisis gen ORF1a/b bagi Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan bahawa peratusan nilai Ct rendah (< 20 Ct) menyumbang 50.3%, dan Ct nilai tinggi (36–40 Ct) menyumbang 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct.V-teknologi）不检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分母 Seperti yang ditunjukkan dalam Rajah 1, peratusan nilai Ct terendah (< 20 Ct) ujian Abbott SARS-CoV-2 (gabungan gen RdRp dan N) ialah 87.6%, nilai Ct gen ORF1a/b bagi ujian Sansure Biotech 2019-nCoV menunjukkan peratusan Ct 值(< 20 Ct) 的 rendah ialah 50.3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 peratusan ialah 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное знач (<ение Ctмтное знач () 87.6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Seperti yang ditunjukkan dalam Rajah 1, ujian Abbott SARS-CoV-2 (menggabungkan gen RdRp dan N) mempunyai peratusan nilai Ct terendah (< 20 Ct) pada 87.6%, manakala nilai Ct gen ORF1a/b dalam Sansure Kajian Bioteknologi 2019 – Analisis nCoV menunjukkan Ct yang rendah. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3.2%. Peratusan nilai (< 20 Ct) ialah 50.3%, dan peratusan nilai Ct tinggi (36–40 Ct) ialah 3.2%.Ujian Abbott SARS-CoV-2 B merekodkan nilai Ct melebihi 30. Sebaliknya, pada gen ORF1a/b ujian BGI SARS-CoV-2 mempunyai peratusan nilai Ct yang tinggi (> 36 Ct) ialah 4% (Rajah 1). Sebaliknya, pada gen ORF1a/b ujian BGI SARS-CoV-2 mempunyai peratusan nilai Ct yang tinggi (> 36 Ct) ialah 4% (Rajah 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составл. 1%). Sebaliknya, dalam analisis gen BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b mempunyai nilai Ct yang tinggi (> 36 Ct), peratusannya ialah 4% (Rajah 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图 Sebaliknya, dalam pengesanan BGI SARS-CoV-2, peratusan gen ORF1a/b dengan nilai Ct tinggi (>36 Ct) ialah 4% (Rajah 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (contohnya 1). Sebaliknya, dalam analisis BGI SARS-CoV-2, peratusan gen ORF1a/b dengan nilai Ct tinggi (>36 Ct) ialah 4% (Rajah 1).
Dalam kajian ini, kami mengambil 164 sampel nasofaring. Untuk semua jenis ujian, pengasingan dan penguatan RNA dilakukan menggunakan kaedah dan kit yang disyorkan oleh pengeluar masing-masing.
Kajian ini menunjukkan bahawa ujian Abbott untuk SARS-CoV-2 mempunyai prestasi pengesanan yang sama seperti CRS, dengan 100% konkordans positif, negatif dan keseluruhan. Perjanjian kappa Cohen ialah 1.00, menunjukkan persetujuan penuh dengan CRS. Kajian serupa oleh Universiti Washington di AS mendapati bahawa sensitiviti dan kekhususan keseluruhan ujian Abbott untuk SARS-CoV-2 adalah 93% dan 100%, masing-masing, berbanding ujian ditentukan makmal (LDA) CDC. . 11. Sistem pengesanan SARS-CoV-2 Abbott adalah berdasarkan pengesanan gabungan serentak gen N dan RdRp, kerana kedua-dua gen adalah lebih sensitif, meminimumkan negatif palsu12. Satu kajian di Vienna, Austria juga menunjukkan bahawa volum sampel pengekstrakan yang besar dan volum eluen pengesanan meminimumkan kesan pencairan dan meningkatkan kecekapan pengesanan13. Oleh itu, padanan sempurna Abbott untuk ujian SARS-CoV-2 boleh dikaitkan dengan sistem pengesanan platform yang secara serentak mengesan gen gabungan, mengekstrak sejumlah besar sampel (0.5 ml) dan menggunakan sejumlah besar eluen (40 µl).
Keputusan kami juga menunjukkan bahawa prestasi pengesanan ujian genetik Daan adalah hampir sama dengan CRS. Ini konsisten dengan kajian14 yang dijalankan di Universiti Anhui di Huainan, China, dan dakwaan pengeluar 100% persetujuan positif. Walaupun terdapat laporan hasil yang konsisten, satu sampel adalah negatif palsu selepas menguji semula eluat yang sama, tetapi positif dalam ujian Abbott SARS-CoV-2 dan Sansure Biotech nCoV-2019. Ini menunjukkan bahawa mungkin terdapat kebolehubahan dalam keputusan merentas pelbagai jenis ujian. Namun begitu, dalam kajian yang dijalankan di China15, keputusan ujian Daan Gene adalah berbeza dengan ketara (p <0.05) berbanding ujian rujukan yang ditentukan makmal mereka. Namun begitu, dalam kajian yang dijalankan di China15, keputusan ujian Daan Gene adalah berbeza dengan ketara (p <0.05) berbanding ujian rujukan yang ditentukan makmal mereka. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) троб эталонного анализа. Walau bagaimanapun, dalam kajian di China15, keputusan analisis Daan Gene adalah berbeza secara signifikan (p <0.05) daripada analisis rujukan makmal mereka.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测看<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p) < 0,0раты эталонным лабораторным тестом. Walau bagaimanapun, dalam kajian di China15, keputusan ujian genetik Daan adalah berbeza secara signifikan (p < 0.05) berbanding ujian makmal rujukannya.Percanggahan ini mungkin disebabkan oleh sensitiviti ujian rujukan untuk mengesan SARS-CoV-2, dan kajian lanjut mungkin penting untuk menentukan puncanya.
Di samping itu, kajian kami menilai prestasi perbandingan ujian BGI SARS-CoV-2 dengan CRS, menunjukkan persetujuan peratusan positif yang sangat baik (PPA = 97.9%), persetujuan peratusan negatif (NPA = 100%), dan persetujuan peratusan keseluruhan mengikut jantina ( OPA). ). = 98.8%). Nilai Kappa Cohen menunjukkan persetujuan yang baik (K = 0.975). Kajian di Belanda16 dan China15 telah menunjukkan hasil yang konsisten. Ujian BGI SARS-CoV-2 ialah ujian pengesanan gen tunggal (ORF1a/b) menggunakan eluat amplifikasi/pengesan 10 µl. Walaupun persetujuan statistik yang baik dengan hasil rujukan kami, analisis terlepas dua sampel positif (1.22%) daripada jumlah sampel. Ini boleh mempunyai implikasi klinikal yang besar untuk dinamik penghantaran di kedua-dua peringkat pesakit dan komuniti.
Satu lagi analisis perbandingan yang disertakan dalam kajian ini ialah ujian Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); peratusan perlawanan keseluruhan ialah 96.3%. Kekuatan perjanjian juga ditentukan oleh nilai Kappa Cohen, iaitu 0.925, menunjukkan persetujuan penuh dengan CRS. Sekali lagi, keputusan kami adalah sama dengan kajian yang dijalankan di Central South University di Changsha, China, dan di Jabatan Makmal Klinikal Hospital Orang Ramai Liuzhou, Liuzhou City, China17. Walaupun kesesuaian statistik yang baik di atas telah direkodkan, ujian khi kuasa dua (ujian MacNemar) menunjukkan bahawa keputusan ujian Sansure Biotech mempunyai perbezaan yang signifikan secara statistik berbanding dengan CRS (p < 0.005). Walaupun kesesuaian statistik yang baik di atas telah direkodkan, ujian khi kuasa dua (ujian MacNemar) menunjukkan bahawa keputusan ujian Sansure Biotech mempunyai perbezaan yang signifikan secara statistik berbanding dengan CRS (p < 0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадрат) что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Walaupun perjanjian statistik yang baik di atas telah direkodkan, ujian khi kuasa dua (ujian McNemar) menunjukkan bahawa keputusan ujian Sansure Biotech mempunyai perbezaan yang signifikan secara statistik berbanding dengan CRS (p < 0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 滀测的结测一测相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure bioteknologi sansure相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) покичизачар разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech dan CRS. Walaupun terdapat perjanjian statistik yang baik yang dinyatakan di atas, ujian khi kuasa dua (ujian McNemar) menunjukkan perbezaan yang signifikan secara statistik (p <0.005) antara ujian Sansure Biotech dan CRS.Enam sampel (3.66%) didapati negatif palsu berbanding CRS (Jadual Tambahan 1); ini sangat penting, terutamanya memandangkan dinamik penularan virus. Data di atas juga menyokong kadar pengesanan yang rendah ini15.
Dalam kajian ini, nilai Ct ditentukan untuk setiap ujian dan platform masing-masing, dengan nilai purata Ct terendah yang dilaporkan dalam ujian Abbott SARS-CoV-2. Keputusan ini mungkin berkaitan dengan sistem ujian genetik gabungan serentak Abbott untuk pengesanan SARS-CoV-2. Oleh itu, menurut Rajah 1, 87.6% keputusan Abbott SARS-CoV-2 mempunyai nilai Ct di bawah 20. Hanya sebilangan kecil keputusan sampel (12.4%) berada dalam julat 20-30. Nilai Ct melebihi 30 tidak direkodkan. Sebagai tambahan kepada penggunaan format ujian genetik panel SARS-CoV-2 oleh Abbott, keputusan ini mungkin berkaitan dengan had pengesanan yang lebih rendah (32.5 salinan RNA/mL)18, iaitu tiga kali lebih rendah daripada had bawah syarikat iaitu 100 salinan RNA /mL. ml)19.
Kajian ini mempunyai beberapa batasan: pertama, kami tidak mempunyai kaedah standard/rujukan [seperti viral load atau ujian makmal lain (LDA)] kerana kekurangan sumber. Kedua, semua spesimen yang digunakan dalam kajian ini adalah swab nasofaring, manakala hasilnya tidak boleh digunakan untuk jenis spesimen lain, dan ketiga, saiz sampel kami adalah kecil.
Kajian ini membandingkan prestasi empat ujian rRT-PCR untuk SARS-CoV-2 menggunakan sampel nasofaring. Semua ujian pengesanan mempunyai prestasi yang hampir setanding, kecuali ujian Sansure Biotech. Selain itu, kadar positif yang rendah telah dikenalpasti dalam ujian Sansure Biotech berbanding CRS (p <0.05). Selain itu, kadar positif yang rendah telah dikenalpasti dalam ujian Sansure Biotech berbanding CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Selain itu, ujian Sansure Biotech menunjukkan peratusan keputusan positif yang rendah berbanding CRS (p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Di samping itu, ujian Sansure Biotech mempunyai kadar positif yang lebih rendah berbanding CRS (p <0.05).Analisis Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA dan perjanjian keseluruhan melebihi 93.5% dengan kekuatan nilai perjanjian Cohen Kappa 0.925. Akhir sekali, Sansure Biotech Assay (RUO) memerlukan pengesahan lanjut untuk digunakan di Ethiopia, dan penyelidikan tambahan harus dipertimbangkan untuk menilai tuntutan daripada pengeluar individu.
Reka bentuk kajian perbandingan telah dijalankan di empat kemudahan kesihatan di Addis Ababa, Hospital Eka Kotebe, Pusat Rawatan Gereja Millennium, Hospital Memorial Zewooditu, dan Hospital Pakar Tuberkulosis St. Peter. Data dikumpul antara 1 dan 31 Disember 2020. Kemudahan perubatan untuk kajian ini dipilih secara sengaja berdasarkan bilangan kes yang tinggi dan ketersediaan pusat rawatan utama di bandar ini. Begitu juga, instrumen, termasuk instrumen PCR masa nyata ABI 7500 dan Abbott m2000, telah dipilih mengikut cadangan pengeluar reagen NAAT, dan empat kit pengesanan PCR telah dipilih untuk kajian ini, kerana kebanyakan makmal di Ethiopia menggunakan sekurang-kurangnya sekurang-kurangnya empat daripada mereka. Ujian gen, ujian Abbott SARS-CoV-2, ujian Sansure Biotech, dan ujian BGI SARS-CoV-2 yang dilakukan semasa kajian).
Ujian untuk SARS-CoV-2 telah dilakukan dari 1 hingga 30 Disember 2020 menggunakan 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) daripada individu yang disiasat untuk COVID-19 yang dirujuk kepada EPHI. Sampel nasofaring dikumpulkan oleh pengumpul sampel terlatih dan dihantar ke EPHI dalam tiga pek. Sebelum pengasingan asid nukleik, setiap sampel diberikan nombor pengenalan unik. Pengekstrakan dilakukan daripada setiap sampel sebaik sahaja tiba menggunakan kaedah pengekstrakan manual dan automatik. Oleh itu, untuk pengekstrakan automatik Abbott m2000, 1.3 ml (termasuk isipadu mati 0.8 ml dan isipadu masuk pengekstrakan 0.5 ml) sampel telah diekstrak daripada setiap sampel dan melalui Sistem Penyediaan Sampel DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Amerika Syarikat). ) Sekumpulan 96 [92 sampel, dua kawalan pengesanan dan dua kawalan bukan templat (NTC)] telah dimasukkan dalam proses keseluruhan (pendapatan dan pengesanan) dua pusingan SARS-CoV-2 (EUA) dalam masa nyata. perlombongan. Begitu juga, untuk pengekstrakan manual, gunakan sampel yang sama (untuk pengekstrakan dan penemuan automatik). Oleh itu, sepanjang proses itu, 140 µl sampel telah diambil alih dan diekstrak menggunakan Kit Mini RNA Viral QIAamp (QIAGEN GmbH, Hilden, Jerman) dalam kelompok 24 (termasuk 20 sampel, dua kawalan ujian dan dua NTC) sepanjang sembilan pusingan. Luat yang diekstrak secara manual telah dikuatkan dan dikesan menggunakan kitar haba ABI 7500 menggunakan ujian BGI SARS-CoV-2, ujian Daan Gene dan ujian Sansure Biotech.
Pengasingan automatik dan penulenan RNA virus SARS-CoV-2 mengikut prinsip manik magnet menggunakan reagen penyediaan sampel DNA Abbott. Penyahaktifan sampel dan pelarutan zarah virus dijalankan menggunakan detergen yang mengandungi isothiocyanate guanidine untuk menyahtukarkan protein dan menyahaktifkan RNase. RNA kemudiannya diasingkan daripada protein melalui pengasingan fasa pepejal menggunakan silika, iaitu garam guanidinium dan pH alkali penimbal lisis menggalakkan pengikatan asid nukleik kepada silika (SiO2). Langkah pembilasan membuang baki protein dan serpihan untuk menghasilkan penyelesaian yang jelas. RNA lutsinar diasingkan daripada mikrozarah berasaskan silika menggunakan medan magnet instrumen20,21. Sebaliknya, pengasingan manual dan penulenan RNA dilakukan dengan kaedah lajur putaran menggunakan sentrifugasi dan bukannya dirian magnet dan pengasingan zarah mikro daripada eluen.
Ujian Pengesanan SARS-CoV-2 Masa Nyata Abbott (Abbott Molecular, Inc.) telah dilakukan mengikut arahan pengeluar, yang menerima EUA19,22 daripada WHO dan FDA. Dalam protokol ini, penyahaktifan sampel sebelum pengekstrakan dilakukan dalam mandi air pada suhu 56 ° C selama 30 minit. Selepas penyahaktifan virus, pengekstrakan asid nukleik dilakukan pada instrumen Abbott m2000 SP daripada 0.5 ml VTM menggunakan sistem penyediaan sampel DNA Abbott m2000. mengikut pengilang. Penguatan dan pengesanan dilakukan menggunakan instrumen Abbott m2000 RT-PCR, dan pengesanan dwi dilakukan untuk gen RdRp dan N. ROX) dan VIC P (pewarna proprietari) untuk penyasaran dan pengesanan kawalan dalaman, membolehkan pengesanan serentak kedua-dua produk penguatan 19 .
Kaedah pengesanan amplifikasi kit ini adalah berdasarkan teknologi RT-PCR satu langkah. Gen ORF1a/b dan N telah dipilih sebagai kawasan terpelihara oleh Daan Gene Technology untuk mengesan penguatan kawasan sasaran. Primer dan probe pendarfluor khusus (probe gen N dilabelkan dengan FAM, probe ORF1a/b berlabel VIC) telah direka bentuk untuk mengesan RNA SARS-CoV-2 dalam sampel. Eluen akhir dan adunan induk disediakan dengan menambahkan 5 μl eluen kepada 20 μl adunan induk kepada isipadu akhir 25 μl. Penguatan dan pengesanan dilakukan serentak pada instrumen PCR masa nyata ABI 750024.
Gen ORF1a/b dan N dikesan menggunakan Kit Diagnostik Asid Nukleik Sansure Biotech nCoV-2019 (pengesanan PCR pendarfluor). Sediakan probe khusus untuk setiap gen sasaran dengan memilih saluran FAM untuk rantau ORF1a/b dan saluran ROX untuk gen N. Untuk kit ujian ini, reagen eluen dan campuran induk ditambah seperti berikut: sediakan 30 μl reagen campuran induk dan 20 μl sampel tercair untuk pengesanan/penguatan. PCR ABI 750025 masa nyata telah digunakan untuk amplifikasi/pengesan.
Ujian BGI SARS-CoV-2 ialah kit rRT-PCR masa nyata pendarfluor untuk diagnosis COVID-19. Rantau sasaran terletak di rantau ORF1a/b genom SARS-CoV-2, yang merupakan kaedah pengesanan gen tunggal. Di samping itu, gen pengemasan manusia β-aktin ialah gen sasaran yang dikawal secara dalaman. Campuran induk disediakan dengan mencampurkan 20 µl reagen campuran induk dan 10 µl sampel RNA yang diekstrak dalam plat perigi26. Instrumen PCR masa nyata kuantitatif pendarfluor ABI 7500 telah digunakan untuk amplifikasi dan pengesanan. Semua penguatan asid nukleik, keadaan larian PCR untuk setiap ujian, dan tafsiran keputusan dilakukan mengikut arahan pengeluar masing-masing (Jadual 3).
Dalam analisis perbandingan ini, kami tidak menggunakan kaedah piawai rujukan untuk menentukan persetujuan peratus (positif, negatif dan keseluruhan) dan parameter perbandingan lain untuk empat analisis. Setiap perbandingan ujian dilakukan dengan CRS, dalam kajian ini CRS telah ditetapkan oleh peraturan "sebarang positif" dan hasilnya ditentukan, bukan dengan satu ujian, kami menggunakan sekurang-kurangnya dua keputusan ujian yang sepadan. Selain itu, dalam kes penularan COVID-19, keputusan negatif palsu adalah lebih berbahaya daripada keputusan positif palsu. Oleh itu, untuk mengatakan "positif" setepat mungkin daripada keputusan CRS, sekurang-kurangnya dua ujian ujian mesti positif, bermakna sekurang-kurangnya satu keputusan positif mungkin datang daripada ujian EUA. Oleh itu, daripada empat keputusan ujian, dua atau lebih keputusan ujian yang memberikan keputusan yang sama dianggap positif atau negatif benar18,27.
Data dikumpul menggunakan borang pengekstrakan data berstruktur, kemasukan data dan analisis dilakukan menggunakan perisian statistik Excel dan SPSS versi 23.0 untuk statistik deskriptif. Persetujuan peratus positif, negatif dan keseluruhan telah dianalisis, dan skor Kappa digunakan untuk menentukan tahap persetujuan setiap kaedah dengan CRS. Nilai Kappa ditafsirkan seperti berikut: 0.01 hingga 0.20 untuk persetujuan ringan, 0.21 hingga 0.40 untuk persetujuan umum, 0.41-0.60 untuk persetujuan sederhana, 0.61-0.80 untuk persetujuan utama dan 0.81-0.99 untuk persetujuan lengkap28.
Pelepasan etika diperoleh daripada Universiti Addis Ababa dan semua protokol eksperimen untuk kajian ini telah diluluskan oleh Lembaga Kajian Etika Saintifik Institut Kesihatan Awam Ethiopia. Nombor rujukan untuk Lesen Etika EPHI ialah EPHI/IRB-279-2020. Semua kaedah telah digunakan menurut cadangan dan peruntukan Garis Panduan Komprehensif Kebangsaan Ethiopia untuk Rawatan COVID-19. Di samping itu, persetujuan bertulis secara bertulis diperoleh daripada semua peserta kajian sebelum menyertai kajian.
Semua data yang diperoleh atau dianalisis dalam kajian ini disertakan dalam artikel yang diterbitkan ini. Data yang menyokong hasil kajian ini boleh didapati daripada pengarang masing-masing atas permintaan yang munasabah.
Pertubuhan Kesihatan Dunia. Pengesyoran untuk Strategi Pengujian Makmal untuk COVID-19: Panduan Interim, 21 Mac 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnosis pintar di Jabatan Kecemasan: Semua Dalam Amalan. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnosis pintar di Jabatan Kecemasan: Semua Dalam Amalan.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dan Gurgulianis, KI Diagnosis pintar COVID-19 di jabatan kecemasan: semuanya dalam amalan.Muliou DS, Pantazopoulos I. dan Gurgulyanis KI Diagnosis pintar COVID-19 di jabatan kecemasan: integrasi hujung ke hujung dalam amalan. Pakar Reverend Respire. ubat. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Penilaian ujian COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Penilaian ujian COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL dan St. George, K. Penilaian ujian COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL dan St. George K. Penilaian ujian COVID19 ID NOW EUA. J. Klinikal. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Pengesanan makmal penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) dalam penyakit manusia yang disyaki. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diakses 15 Ogos 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis COVID-19: Penyakit dan Alat Pengujian. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Penubuhan Kolej Patologi Afrika Timur, Tengah dan Selatan - Sekolah Patologi Serantau Timur Tengah dan Afrika Selatan. Afrika. J. Makmal. ubat. 9(1), 1-8 (2020).
Institut Kesihatan Awam Ethiopia, Kementerian Kesihatan Persekutuan. Strategi dan Panduan Kebangsaan Interim untuk Diagnosis Makmal COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (diakses 12 Ogos 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Ujian negatif palsu untuk cabaran dan implikasi jangkitan SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Ujian negatif palsu untuk cabaran dan implikasi jangkitan SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim AS Ujian negatif palsu untuk jangkitan SARS-CoV-2 dan akibatnya.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim AS Ujian negatif palsu untuk provokasi dan kesan jangkitan SARS-CoV-2. N. eng. J. Perubatan. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kes COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: Strategi pencegahan dan pengurusan pernafasan, vaksinasi dan perspektif selanjutnya. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kes COVID-19 positif palsu dan negatif palsu: Strategi pencegahan dan pengurusan pernafasan, vaksinasi dan perspektif selanjutnya. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии, леичиниця дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kes positif dan negatif palsu COVID-19 palsu: strategi pencegahan dan rawatan pernafasan, vaksinasi dan langkah ke hadapan.Muliu, DS dan Gurgulianis, KI Kes positif palsu dan negatif palsu COVID-19: strategi untuk pencegahan dan rawatan pernafasan, vaksinasi dan langkah ke hadapan. Pakar Reverend Respire. ubat. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di jabatan kecemasan: Melihat pokok tetapi kehilangan hutan. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di jabatan kecemasan: Melihat pokok tetapi kehilangan hutan.Mouliou, DS, Ioannis, P. dan Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di Jabatan Kecemasan: Lihat Pokok, Hilang Hutan.Muliou DS, Ioannis P., dan Konstantinos G. Diagnosis COVID-19 di Bilik Kecemasan: Hutan Tidak Cukup untuk Pokok. Muncul. ubat. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Pengesahan dan Pengesahan Prestasi Analitikal dan Klinikal Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Klinikal. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari rantau genom COVID-19 yang berbeza untuk pengesanan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari kawasan genom COVID-19 yang berbeza untuk pengesanan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. dan Aflatunyan, B. Perbandingan lima set primer dari kawasan berlainan genom COVID-19 untuk pengesanan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan 5 kawasan genetik COVID-19 yang berbeza untuk pengesanan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. dan Aflatunyan B. Perbandingan lima set primer dari kawasan berlainan genom COVID-19 untuk pengesanan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional.Iran. J. Mikrobiologi. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Keputusan awal program penilaian kualiti luaran kebangsaan untuk pengesanan jujukan genom SARS-CoV-2. J. Klinikal. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Penilaian Analitikal Keberkesanan Lima Kit RT-PCR untuk Sindrom Pernafasan Akut Teruk Coronavirus 2. J. Clinical. makmal. dubur. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Penilaian tujuh kit pengesanan RNA SARS-CoV-2 yang tersedia secara komersial di China berdasarkan tindak balas rantai polimerase (PCR) masa nyata. klinikal. bahan kimia. makmal. ubat. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Perbandingan tujuh kit diagnostik RT-PCR COVID-19 komersial. J. Klinikal. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Perbandingan prestasi diagnostik dua kit PCR untuk pengesanan asid nukleik SARS-CoV-2. J. Klinikal. makmal. dubur. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, dsb. Kajian perbandingan empat platform ujian amplifikasi asid nukleik (NAAT) SARS-CoV-2 menunjukkan bahawa prestasi ID NOW merosot dengan ketara bergantung pada jenis pesakit dan sampel. diagnosis. mikrobiologi. Jangkitan. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekul Abbott. Sisipan pakej analisis SARS-CoV-2 Abbott masa nyata. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Sehingga 10 Ogos 2020) (2020).
Klein, S. et al. Pengasingan RNA SARS-CoV-2 menggunakan manik magnet untuk pengesanan berskala besar pantas oleh RT-qPCR dan RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).