Prestasi empat ujian amplifikasi asid nukleik untuk mengenal pasti SARS-COV-2 di Ethiopia

Terima kasih kerana melawat Nature.com. Anda menggunakan versi penyemak imbas dengan sokongan CSS terhad. Untuk pengalaman terbaik, kami mengesyorkan agar anda menggunakan penyemak imbas yang dikemas kini (atau melumpuhkan mod keserasian di Internet Explorer). Di samping itu, untuk memastikan sokongan berterusan, kami menunjukkan laman web tanpa gaya dan JavaScript.
Memaparkan karusel tiga slaid sekaligus. Gunakan butang sebelumnya dan seterusnya untuk bergerak melalui tiga slaid pada satu masa, atau gunakan butang slider pada akhir untuk bergerak melalui tiga slaid pada satu masa.
Sejak wabak penyakit koronavirus 2019 (Covid-19), banyak ujian penguatan asid nukleik komersial (NAATs) telah dibangunkan di seluruh dunia dan telah menjadi ujian standard. Walaupun beberapa ujian telah dibangunkan dengan cepat dan digunakan untuk ujian diagnostik makmal, prestasi ujian ini belum dinilai dalam pelbagai tetapan. Oleh itu, kajian ini bertujuan untuk menilai prestasi Abbott SARS-COV-2, Daan Gene, BGI, dan Sansure Biotech assays menggunakan Standard Rujukan Komposit (CRS). Kajian ini dijalankan di Institut Kesihatan Awam Ethiopia (EPHI) dari 1 hingga 30 Disember 2020. 164 Sampel Nasopharyngeal diekstrak menggunakan Kit Mini RNA Qiaamp dan Sistem Penyediaan Sampel DNA Abbott. Daripada 164 spesimen, 59.1% positif dan 40.9% adalah negatif untuk CRS. Positif biotek Sansure adalah rendah berbanding dengan CRS (p <0.05). Positif biotek Sansure adalah rendah berbanding dengan CRS (p <0.05). Положительosi р з з з з з з з з semula з з з з semula sansure. Keputusan positif Sansure Biotech jauh lebih rendah berbanding dengan CRS (p <0.05).与 CRS 相比, Sansure Biotech 的阳性率显着较低 (P <0.05)。与 CRS 相比, Sansure Biotech 的阳性率显着较低 (P <0.05)。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech mempunyai hasil positif yang jauh lebih sedikit berbanding CRS (p <0.05).Perjanjian keseluruhan empat analisis adalah 96.3-100% berbanding CRS. Sebagai tambahan kepada kadar positiviti yang rendah dari ujian bioteknologi Sansure, prestasi empat ujian hampir dapat dibandingkan. Oleh itu, Sansure Biotech [Penyelidikan Sahaja (RUO)] memerlukan pengesahan tambahan untuk kegunaannya di Ethiopia. Akhirnya, penyelidikan tambahan harus dipertimbangkan untuk menilai ujian dengan tuntutan pengeluar yang sesuai.
Ujian makmal adalah sebahagian daripada Rancangan Strategik Pertubuhan Kesihatan Sedunia (WHO) untuk Penyakit Coronavirus 2019 (Covid-19) Kesediaan dan Response (SPRP). WHO menasihatkan bahawa negara -negara perlu membina keupayaan makmal untuk meningkatkan kesediaan, pengurusan kes yang betul, kewaspadaan dan tindak balas yang cepat terhadap cabaran kesihatan awam. Ini menunjukkan bahawa peranan makmal adalah kunci untuk mencirikan penyakit dan epidemiologi agen berjangkit yang muncul dan mengawal penyebaran mereka.
Diagnosis Covid-19 memerlukan maklumat epidemiologi dan perubatan, gejala/tanda peribadi, dan data radiografi dan makmal2. Sejak wabak Covid-19 dilaporkan di Wuhan, China, banyak ujian penguatan asid nukleik komersil (NAATs) telah dibangunkan di seluruh dunia. Reaksi rantai polimerase transkripsi terbalik masa nyata (RRT-PCR) telah digunakan sebagai kaedah rutin dan standard untuk diagnosis makmal sindrom akut akut yang teruk 2 (SARS-COV-2) 3. Pengesanan molekul SARS-COV-2 biasanya berdasarkan gen n (gen protein nukleokapsid), E (gen protein sampul), dan gen RDRP (gen RNA yang bergantung kepada RNA) dalam ORF1A/B (bingkai bacaan terbuka 1A/B). Gen) rantau yang dikenal pasti dari genom virus. Mereka dianggap sebagai kawasan konservasi utama yang terdapat dalam genom virus untuk pengiktirafan virus4. Di antara gen ini, gen RDRP dan E mempunyai sensitiviti pengesanan analisis yang tinggi, manakala gen N mempunyai sensitiviti analisis yang rendah5.
Prestasi ujian PCR mungkin berbeza -beza bergantung kepada pelbagai faktor seperti: reagen pengekstrakan, reagen penguatan/pengesanan, kaedah pengekstrakan, kualiti mesin PCR dan instrumen lain. Sehingga April 2020, lebih daripada 48 peranti diagnostik yang berbeza dari sembilan negara telah menerima Kebenaran Penggunaan Kecemasan (EUA) untuk diagnostik Covid-196. Di Ethiopia, lebih daripada 14 platform PCR masa nyata digunakan untuk pengesanan PCR SARS-COV-2 di 26 institusi kesihatan awam, termasuk ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 dan Quant-Studio7. Di samping itu, pelbagai kit ujian PCR disediakan, seperti ujian gen Daan, ujian Abbott SARS-COV-2, ujian bioteknologi SANSURE, dan ujian SARS-COV-2 BGI. Walaupun RRT-PCR sangat sensitif, sesetengah pesakit dengan COVID-19 melaporkan hasil negatif palsu disebabkan oleh salinan asid ribonukleik virus (RNA) yang tidak mencukupi dalam sampel kerana pengumpulan, pengangkutan, penyimpanan dan pengendalian, dan ujian makmal yang tidak betul. Syarat dan Tindakan Personel8. Di samping itu, penetapan sampel atau kawalan, tetapan ambang kitaran (CT), dan reaktiviti silang dengan asid nukleik patogen lain atau SARS-COV-2 yang tidak aktif/sisa boleh menyebabkan keputusan positif palsu dalam ujian RRT-PCR9. Oleh itu, adalah jelas bahawa ujian PCR sememangnya dapat mengenal pasti pembawa serpihan gen, kerana mereka tidak dapat membezakan antara gen virus yang benar -benar aktif, jadi ujian hanya dapat mengenal pasti pembawa dan bukan pesakit10. Oleh itu, adalah penting untuk menilai prestasi diagnostik menggunakan kaedah standard dalam tetapan kami. Walaupun banyak reagen NAAT boleh didapati di Institut Kesihatan Awam Ethiopia (EPHI) dan di seluruh negara, tiada penilaian perbandingan keberkesanannya belum dilaporkan. Oleh itu, kajian ini bertujuan untuk menilai prestasi perbandingan kit yang tersedia secara komersil untuk mengesan SARS-COV-2 oleh RRT-PCR menggunakan spesimen klinikal.
Sejumlah 164 peserta yang disyaki Covid-19 dimasukkan dalam kajian ini. Majoriti sampel adalah dari pusat rawatan (118/164 = 72%), manakala baki 46 (28%) peserta adalah dari pusat rawatan. Antara peserta yang tidak dirawat di Pusat, 15 (9.1%) telah disyaki secara klinikal dan 31 (18.9%) mempunyai hubungan kes yang disahkan. Sembilan puluh tiga (56.7%) peserta adalah lelaki, dan umur (± SD) umur peserta adalah 31.10 (± 11.82) tahun.
Dalam kajian ini, kadar positif dan negatif empat ujian untuk Covid-19 ditentukan. Oleh itu, kadar positif Abbott SARS-COV-2, Daan Gene 2019-NCOV assay, SARS-COV-2 BGI assay, dan Sansure Biotech 2019-NCOV assay masing-masing 59.1%, 58.5%, 57.9% dan 55.5% masing-masing. Skor standard rujukan komposit positif dan negatif adalah 97 (59.1%) dan 67 (40.9%), masing -masing (Jadual 1). Dalam kajian ini, definisi CRS didasarkan pada peraturan "apa -apa positif", di mana daripada empat keputusan ujian, dua atau lebih keputusan ujian yang memberikan hasil yang sama dianggap positif atau negatif.
Dalam kajian ini, kami mendapati perjanjian peratusan negatif (NPA) sebanyak 100% (95% CI 94.6-100) untuk semua analisis berbanding CRS. Analisis bioteknologi Sansure menunjukkan PPA minimum 93.8% (95% CI 87.2-97.1) dan analisis Daan Gene 2019-NCOV mempunyai perjanjian keseluruhan 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Sebaliknya, perjanjian keseluruhan antara ujian SARS-COV-2 BGI dan Sansure Biotech 2019-NCOV assay masing-masing adalah 98.8% dan 96.3% (Jadual 2).
Koefisien persetujuan Kappa Cohen antara CRS dan keputusan ujian Abbott SARS-COV-2 adalah konsisten sepenuhnya (k = 1.00). Begitu juga, nilai kappa Cohen yang dikesan oleh Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI, dan Sansure Biotech 2019-NCOV juga konsisten sepenuhnya dengan CRS (K ≥ 0.925). Dalam analisis perbandingan ini, ujian chi-square (ujian McNemar) menunjukkan bahawa keputusan ujian Sansure Biotech 2019-NCOV jauh berbeza daripada hasil CRS (p = 0.031) (Jadual 2).
Seperti yang ditunjukkan dalam Rajah.1 Peratusan nilai CT terendah (<20 ct) daripada Abbott SARS-COV-2 (gabungan RDRP dan N gen) adalah 87.6% dan ORF1A/B gen CT CT bioteknologi SANSURE 2019-NCOV menunjukkan bahawa peratusan rendah CT (<20 ct) 1 Peratusan nilai CT terendah (<20 ct) daripada Abbott SARS-COV-2 (gabungan RDRP dan N gen) adalah 87.6% dan ORF1A/B gen CT CT bioteknologi SANSURE 2019-NCOV menunjukkan bahawa peratusan rendah CT (<20 ct)Seperti yang ditunjukkan dalam Rajah.1, пр ц н н н н з з н н н н ч ° з з нз з ч н ° н з чз з ч н ° з з чз з ч ч з з semula з з зз з ч ч з з semulaan (<20 ct) Abbott Sars-cov-2 ( ORF1A/B ORED SANSURE BIOTECH 2019-NCOV AP Secara 3,2%. 1, peratusan analisis nilai CT terendah (<20 ct) Abbott SARS-COV-2 (gabungan gen RDRP dan N) adalah 87.6%, dan nilai CT analisis gen ORF1A/B SANSURE bioteknologi 2019-NCOV menunjukkan bahawa kadar CT (<20 ct) 3.2%.如图 1 所示, Abbott SARS-COV-2 检测 (结合 RDRP 和 N 基因) 的最低 CT 值百分比 (<20 ct) 为 87.6%, Sansure Biotech 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值 (<20 ct)的百分比为 3.2%。 Seperti yang ditunjukkan dalam Rajah 1, peratusan nilai CT terendah (<20 ct) ujian Abbott SARS-COV-2 (gabungan RDRP dan N gen) adalah 87.6%, nilai CT ORF1A/B Bioteknologi SANSURE 2019-NCOV (<20 ct) 3.2%. Как показано на рнке 1, азиз Abbott Sars-cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) 87,6%87,6%, з pernah ct ct гéна orf1a/b в и нbare Sansure Biotech 2019-ncov покал ct. Seperti yang ditunjukkan dalam Rajah 1, ujian Abbott SARS-COV-2 (menggabungkan gen RDRP dan N) mempunyai nilai CT yang paling rendah (<20 ct) pada 87.6%, manakala nilai CT gen ORF1A/B dalam kajian Sansure Biotech 2019-analisis NCOV menunjukkan CT rendah. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Peratusan nilai (<20 ct) adalah 50.3%, dan peratusan nilai CT yang tinggi (36-40 ct) adalah 3.2%.Ujian Abbott SARS-COV-2 B mencatatkan nilai CT di atas 30. Sebaliknya, pada BGI SARS-COV-2 assay ORF1A/B gen mempunyai nilai CT yang tinggi (> 36 ct) adalah 4% (Rajah 1). Sebaliknya, pada BGI SARS-COV-2 assay ORF1A/B gen mempunyai nilai CT yang tinggi (> 36 ct) adalah 4% (Rajah 1). С с д й й й й й й й й й й й й з з з з з з з з з з н з н н н н b Sebaliknya, dalam analisis BGI SARS-COV-2 gen ORF1A/B mempunyai nilai CT yang tinggi (> 36 ct), peratusannya ialah 4% (Rajah 1).另一方面, 在 BGI SARS-COV-2 检测中, ORF1A/B 基因具有高 CT 值 (> 36 ct) 的百分比为 4%(图 1)。 Sebaliknya, dalam pengesanan BGI SARS-COV-2, peratusan gen ORF1A/B dengan nilai CT yang tinggi (> 36 ct) adalah 4% (Rajah 1). С с й с й н н н н н н й й й й й й й й й й н н н н н н н н н н н н н н ° а а н b Sebaliknya, dalam analisis BGI SARS-COV-2, peratusan gen ORF1A/B dengan nilai CT yang tinggi (> 36 ct) adalah 4% (Rajah 1).
Dalam kajian ini, kami mengambil 164 sampel nasofaring. Untuk semua jenis ujian, pengasingan dan penguatan RNA dilakukan menggunakan kaedah dan kit yang disyorkan oleh pengeluar masing -masing.
Kajian ini menunjukkan bahawa ujian Abbott untuk SARS-COV-2 mempunyai prestasi pengesanan yang sama seperti CRS, dengan 100% positif, negatif, dan keseluruhan konkordans. Perjanjian Kappa Cohen adalah 1.00, menunjukkan persetujuan penuh dengan CRS. Kajian yang sama oleh University of Washington di Amerika Syarikat mendapati bahawa kepekaan dan kekhususan keseluruhan ujian Abbott untuk SARS-COV-2 masing-masing adalah 93% dan 100%, berbanding dengan assay yang ditentukan oleh makmal (LDA) CDC. 11. Sistem pengesanan Abbott SARS-COV-2 didasarkan pada pengesanan gabungan serentak gen N dan RDRP, kerana kedua-dua gen lebih sensitif, meminimumkan negatif palsu12. Satu kajian di Vienna, Austria juga menunjukkan bahawa jumlah sampel pengekstrakan yang besar dan pengesanan volum eluen meminimumkan kesan pencairan dan peningkatan kecekapan pengesanan13. Oleh itu, perlawanan sempurna Abbott untuk ujian SARS-COV-2 boleh dikaitkan dengan sistem pengesanan platform yang secara serentak mengesan gen gabungan, mengekstrak sejumlah besar sampel (0.5 mL), dan menggunakan sejumlah besar eluen (40 μL).
Keputusan kami juga menunjukkan bahawa prestasi pengesanan ujian genetik Daan hampir sama dengan CRS. Ini selaras dengan Kajian14 yang dijalankan di Universiti Anhui di Huaain, China, dan tuntutan pengeluar 100% perjanjian positif. Walaupun laporan mengenai keputusan yang konsisten, satu sampel adalah negatif palsu selepas mengulangi semula yang sama, tetapi positif dalam Abbott SARS-COV-2 dan Sansure Biotech NCOV-2019. Ini menunjukkan bahawa terdapat kebolehubahan dalam hasil di pelbagai jenis ujian. Walau bagaimanapun, dalam kajian yang dijalankan di China15, hasil daripada ujian gen Daan adalah jauh berbeza (p <0.05) berbanding dengan ujian rujukan yang ditentukan oleh makmal mereka. Walau bagaimanapun, dalam kajian yang dijalankan di China15, hasil daripada ujian gen Daan adalah jauh berbeza (p <0.05) berbanding dengan ujian rujukan yang ditentukan oleh makmal mereka. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лораторн awak э foto аонанаанаанаcE. Walau bagaimanapun, dalam kajian di China15, hasil analisis Daan Gene adalah jauh berbeza (p <0.05) dari analisis rujukan makmal mereka.然而, 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 (p <0.05)。然而, 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Онако в и н £ п н ayaan, с с н н э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э э; Walau bagaimanapun, dalam kajian di China15, keputusan ujian genetik Daan adalah berbeza (p <0.05) berbanding dengan ujian makmal rujukannya.Percanggahan ini mungkin disebabkan oleh kepekaan ujian rujukan untuk mengesan SARS-COV-2, dan kajian lanjut mungkin penting untuk menentukan punca.
Di samping itu, kajian kami menilai prestasi perbandingan ujian SARS-COV-2 BGI dengan CRS, menunjukkan perjanjian peratusan positif yang sangat baik (PPA = 97.9%), perjanjian peratusan negatif (NPA = 100%), dan perjanjian peratusan keseluruhan oleh jantina (OPA). ). = 98.8%). Nilai kappa Cohen menunjukkan persetujuan yang baik (k = 0.975). Kajian di Belanda16 dan China15 telah menunjukkan hasil yang konsisten. Ujian SARS-COV-2 BGI adalah ujian pengesanan gen tunggal (ORF1A/B) menggunakan penguatan 10 μl/pengesanan. Walaupun perjanjian statistik yang baik dengan hasil rujukan kami, analisis itu terlepas dua sampel positif (1.22%) daripada jumlah sampel. Ini boleh mempunyai implikasi klinikal yang besar untuk dinamik penghantaran di peringkat pesakit dan komuniti.
Satu lagi analisis perbandingan yang termasuk dalam kajian ini ialah Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Peratusan perlawanan keseluruhan ialah 96.3%. Kekuatan perjanjian juga ditentukan oleh nilai kappa Cohen, iaitu 0.925, menunjukkan persetujuan penuh dengan CRS. Sekali lagi, keputusan kami adalah sama dengan kajian yang dijalankan di Central South University di Changsha, China, dan di Jabatan Makmal Klinikal Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. Walaupun kesesuaian statistik yang baik di atas dicatatkan, ujian chi-square (ujian MacNemar) menunjukkan bahawa hasil ujian bioteknologi Sansure mempunyai perbezaan yang signifikan secara statistik berbanding CRS (p <0.005). Walaupun kesesuaian statistik yang baik di atas dicatatkan, ujian chi-square (ujian MacNemar) menunjukkan bahawa hasil ujian bioteknologi Sansure mempunyai perbezaan yang signifikan secara statistik berbanding CRS (p <0.005). Н н н н ч ч ч ч ч ч ч ч ч ч ч чqe зывввзз---оооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооо muka, (критерий м ketika) показал, ччолллллллеееее ее е е ... 0,005). Walaupun perjanjian statistik yang baik di atas direkodkan, ujian chi-square (ujian McNemar) menunjukkan bahawa hasil dari ujian bioteknologi Sansure mempunyai perbezaan yang signifikan secara statistik berbanding dengan CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性, 但卡方检验 (Macnemar 检验) 表明, Sansure Biotech 检测的结果与 Crs 相比具有统计学显着差异 (P <0.005)。尽管 记录 了 上述 良好 统计 统计, 但 检验 检验 ((Macnemar 检验 表明,,, Sansure Biotech 检测 结果 与 Crs 相比 具有 具有 显着 ((P <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。)))） Н н н н н н н н н н н нq х х х тм х х т тα ыш х х х х хoto хошоеа со о ron хо о ron мвayakan со о аron мвнayakan мр ... стисичеа значи oю рниц (P <0,005) межж аенанааналaib Sansure Biotech dan Crs. Walaupun perjanjian statistik yang baik yang dinyatakan di atas, ujian chi-square (ujian McNemar) menunjukkan perbezaan yang signifikan secara statistik (p <0.005) antara ujian bioteknologi Sansure dan CRS.Enam sampel (3.66%) didapati negatif palsu berbanding CRS (Jadual Tambahan 1); Ini sangat penting, terutamanya memandangkan dinamik penghantaran virus. Data di atas juga menyokong kadar pengesanan rendah ini15.
Dalam kajian ini, nilai CT ditentukan untuk setiap ujian dan platform masing-masing, dengan nilai CT yang paling rendah yang dilaporkan dalam ujian Abbott SARS-COV-2. Hasil ini mungkin berkaitan dengan sistem ujian genetik gabungan Abbott untuk mengesan SARS-COV-2. Oleh itu, menurut Rajah 1, 87.6% keputusan Abbott SARS-COV-2 mempunyai nilai CT di bawah 20. Hanya sebilangan kecil hasil sampel (12.4%) berada dalam lingkungan 20-30. Nilai CT di atas 30 tidak direkodkan. Sebagai tambahan kepada penggunaan format ujian genetik panel SARS-COV-2, hasil ini mungkin berkaitan dengan had pengesanan yang lebih rendah (32.5 RNA salinan/ml) 18, yang tiga kali lebih rendah daripada had bawah 100 RNA salinan/ml. ml) 19.
Kajian ini mempunyai beberapa batasan: Pertama, kita tidak mempunyai kaedah standard/rujukan [seperti beban virus atau ujian makmal lain (LDA)] kerana kekurangan sumber. Kedua, semua spesimen yang digunakan dalam kajian ini adalah swab nasopharyngeal, manakala hasilnya tidak berkenaan dengan jenis spesimen lain, dan ketiga, saiz sampel kami adalah kecil.
Kajian ini membandingkan prestasi empat ujian RRT-PCR untuk SARS-COV-2 menggunakan sampel nasofaring. Semua ujian pengesanan mempunyai prestasi hampir setanding, kecuali ujian Sansure Biotech. Selain itu, kadar positiviti yang rendah telah dikenalpasti dalam ujian bioteknologi Sansure berbanding CRS (p <0.05). Selain itu, kadar positiviti yang rendah telah dikenalpasti dalam ujian bioteknologi Sansure berbanding CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Di samping itu, ujian bioteknologi Sansure menunjukkan peratusan yang rendah hasil positif berbanding CRS (p <0.05).此外, 与 crs 相比, Sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外, 与 crs 相比, Sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Di samping itu, ujian bioteknologi Sansure mempunyai kadar positiviti yang lebih rendah berbanding CRS (p <0.05).Analisis Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) PPA, NPA dan perjanjian keseluruhan melebihi 93.5% dengan kekuatan Cohen Kappa nilai perjanjian 0.925. Akhirnya, Sansure Biotech Assay (RUO) memerlukan pengesahan selanjutnya untuk digunakan di Ethiopia, dan penyelidikan tambahan harus dipertimbangkan untuk menilai tuntutan daripada pengeluar individu.
Reka bentuk kajian perbandingan dijalankan di empat kemudahan kesihatan di Addis Ababa, Hospital Eka Kotebe, Pusat Rawatan Gereja Millennium, Hospital Memorial Zewooditu, dan Hospital Pakar Tuberkulosis St. Peter. Data ini dikumpulkan antara 1 dan 31 Disember, 2020. Kemudahan perubatan untuk kajian ini sengaja dipilih berdasarkan jumlah kes mereka yang tinggi dan ketersediaan pusat rawatan utama di bandar. Begitu juga, instrumen, termasuk instrumen PCR ABI 7500 dan Abbott M2000, telah dipilih mengikut cadangan pengeluar reagen NAAT, dan empat kit pengesanan PCR dipilih untuk kajian ini, kerana kebanyakan makmal di Ethiopia menggunakan sekurang-kurangnya empat daripadanya. Ujian gen, ujian Abbott SARS-COV-2, ujian bioteknologi Sansure, dan ujian SARS-COV-2 BGI yang dilakukan semasa kajian).
Ujian untuk SARS-COV-2 dilakukan dari 1 hingga 30 Disember 2020 menggunakan 3 ml medium pengangkutan virus (VTM) (Teknologi Miraclean, Shenzhen, China) daripada individu yang disiasat untuk Covid-19 yang dirujuk kepada EPHI. Sampel nasopharyngeal dikumpulkan oleh pengumpul sampel terlatih dan dihantar ke Ephi dalam pek tiga. Sebelum pengasingan asid nukleik, setiap sampel diberikan nombor pengenalan yang unik. Pengekstrakan dilakukan dari setiap sampel sebaik sahaja ketibaan menggunakan kaedah pengekstrakan manual dan automatik. Oleh itu, untuk pengekstrakan automatik Abbott M2000, 1.3 mL (termasuk 0.8 ml jumlah mati dan 0.5 ml pengekstrakan masuk) sampel telah diekstrak dari setiap sampel dan melalui sistem penyediaan sampel DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) Kumpulan 96 [92 sampel, dua kawalan pengesanan dan dua kawalan bukan templat (NTC)] dimasukkan ke dalam proses keseluruhan (pengambilan dan pengesanan) dua pusingan SARS-COV-2 (EUA) dalam masa nyata. perlombongan. Begitu juga, untuk pengekstrakan manual, gunakan sampel yang sama (untuk pengekstrakan dan penemuan automatik). Oleh itu, sepanjang proses, sampel 140 μl telah diekstrak dan diekstrak menggunakan kit mini RNA QIAAMP (Qiagen GmbH, Hilden, Jerman) dalam kelompok 24 (termasuk 20 sampel, dua kawalan assay dan dua NTCs) selama sembilan pusingan. Eluates yang diekstrak secara manual telah dikuatkan dan dikesan menggunakan Cycler Thermal ABI 7500 menggunakan ujian SARS-COV-2 BGI, assay Daan Gene, dan Sansure Biotech assay.
Pengasingan dan pemurnian automatik RNA virus SARS-COV-2 mengikuti prinsip manik magnet menggunakan reagen penyediaan sampel DNA Abbott. Inaktivasi sampel dan solubilisasi zarah virus dilakukan dengan menggunakan detergen yang mengandungi guanidine isothiocyanate untuk menafikan protein dan tidak aktif RNase. RNA kemudian dipisahkan dari protein oleh pemisahan fasa pepejal menggunakan silika, iaitu garam guanidinium dan pH alkali penimbal lisis menggalakkan pengikatan asid nukleik ke silika (SiO2). Langkah pembilasan menghilangkan protein dan serpihan yang tersisa untuk menghasilkan penyelesaian yang jelas. RNA telus diasingkan daripada mikropartikel berasaskan silika menggunakan medan magnet instrumen20,21. Sebaliknya, pengasingan dan pemurnian manual RNA dijalankan oleh kaedah lajur spin menggunakan sentrifugasi dan bukannya pendirian magnet dan pemisahan mikropartikel dari eluen.
Ujian pengesanan SARS-COV-2 masa nyata Abbott (Abbott Molecular, Inc.) dilakukan mengikut arahan pengeluar, yang menerima EUA19,22 dari WHO dan FDA. Dalam protokol ini, inaktivasi sampel sebelum pengekstrakan dilakukan dalam mandi air pada suhu 56 ° C selama 30 minit. Selepas pengaktifan virus, pengekstrakan asid nukleik dilakukan pada instrumen Abbott M2000 SP dari 0.5 mL VTM menggunakan sistem penyediaan sampel DNA Abbott M2000. Menurut pengilang. Penguatan dan pengesanan dilakukan menggunakan instrumen Abbott M2000 RT-PCR, dan pengesanan dwi dilakukan untuk gen RDRP dan N. Rox) dan Vic P (pewarna proprietari) untuk mensasarkan dan mengesan kawalan dalaman, yang membolehkan pengesanan serentak kedua -dua produk penguatan 19.
Kaedah pengesanan amplifikasi kit ini didasarkan pada teknologi RT-PCR satu langkah. Gen ORF1A/B dan N telah dipilih sebagai kawasan yang dipelihara oleh teknologi gen Daan untuk mengesan penguatan rantau sasaran. Primer spesifik dan probe pendarfluor (probe gen N yang dilabelkan dengan FAM, ORF1A/B probe yang dilabelkan dengan VIC) telah direka untuk mengesan SARS-COV-2 RNA dalam sampel. Campuran eluen dan induk terakhir disediakan dengan menambahkan 5 μL eluen hingga 20 μl campuran induk ke jumlah akhir 25 μL. Penguatan dan pengesanan dilakukan secara serentak pada instrumen PCR ABI 750024.
Gen ORF1A/B dan N telah dikesan menggunakan kit diagnostik asid nukleik SANSURE NCOV-2019 (pengesanan PCR pendarfluor). Sediakan probe khusus untuk setiap gen sasaran dengan memilih saluran FAM untuk rantau ORF1A/B dan saluran ROX untuk gen N. Untuk kit assay ini, reagen eluen dan master campuran ditambah seperti berikut: Sediakan 30 μl Master Mix Reagent dan 20 μL sampel untuk pengesanan/penguatan. PCR ABI 750025 masa nyata digunakan untuk penguatan/pengesanan.
Ujian SARS-COV-2 BGI adalah kit RRT-PCR masa nyata untuk diagnosis Covid-19. Rantau sasaran terletak di rantau ORF1A/B genom SARS-COV-2, yang merupakan kaedah pengesanan gen tunggal. Di samping itu, gen pengemasan manusia β-actin adalah gen sasaran yang dikawal secara dalaman. Campuran induk disediakan dengan mencampurkan 20 μl reagen campuran master dan 10 μl sampel RNA yang diekstrak dalam plat sumur26. Instrumen PCR Real-Time ABI 7500 Fluorescent digunakan untuk penguatan dan pengesanan. Semua penguatan asid nukleik, keadaan menjalankan PCR untuk setiap ujian, dan tafsiran keputusan dilakukan mengikut arahan pengilang masing -masing (Jadual 3).
Dalam analisis perbandingan ini, kami tidak menggunakan kaedah standard rujukan untuk menentukan persetujuan peratus (positif, negatif, dan keseluruhan) dan parameter perbandingan lain untuk empat analisis. Setiap perbandingan ujian dilakukan dengan CRS, dalam kajian ini CRS ditetapkan oleh peraturan "apa -apa positif" dan hasilnya ditentukan, bukan dengan satu ujian, kami menggunakan sekurang -kurangnya dua keputusan ujian yang sepadan. Di samping itu, dalam hal penghantaran Covid-19, hasil negatif palsu lebih berbahaya daripada hasil positif palsu. Oleh itu, untuk mengatakan "positif" sebaik mungkin dari hasil CRS, sekurang -kurangnya dua ujian ujian mestilah positif, yang bermaksud bahawa sekurang -kurangnya satu hasil positif mungkin datang dari ujian EUA. Oleh itu, daripada empat keputusan ujian, dua atau lebih hasil ujian yang memberikan hasil yang sama dianggap positif atau negatif18,27.
Data dikumpulkan menggunakan borang pengekstrakan data berstruktur, kemasukan data dan analisis dilakukan menggunakan perisian statistik Excel dan SPSS versi 23.0 untuk statistik deskriptif. Perjanjian positif, negatif, dan keseluruhan telah dianalisis, dan skor kappa digunakan untuk menentukan tahap perjanjian setiap kaedah dengan CRS. Nilai Kappa ditafsirkan seperti berikut: 0.01 hingga 0.20 untuk perjanjian ringan, 0.21 hingga 0.40 untuk perjanjian umum, 0.41-0.60 untuk perjanjian sederhana, 0.61-0.80 untuk perjanjian utama dan 0.81-0.99 untuk perjanjian lengkap28.
Pelepasan etika diperolehi dari University of Addis Ababa dan semua protokol eksperimen untuk kajian ini telah diluluskan oleh Lembaga Kajian Etika Saintifik Institut Kesihatan Awam Ethiopia. Nombor rujukan untuk lesen etika EPHI ialah EPHI/IRB-279-2020. Semua kaedah telah digunakan mengikut cadangan dan peruntukan Garis Panduan Komprehensif Kebangsaan Ethiopia untuk rawatan Covid-19. Di samping itu, persetujuan bertulis bertulis diperoleh daripada semua peserta kajian sebelum penyertaan dalam kajian ini.
Semua data yang diperoleh atau dianalisis dalam kajian ini dimasukkan dalam artikel yang diterbitkan ini. Data yang menyokong hasil kajian ini boleh didapati dari penulis masing -masing atas permintaan yang munasabah.
Pertubuhan Kesihatan Dunia. Cadangan untuk Strategi Ujian Makmal untuk Covid-19: Panduan Interim, 21 Mac, 2020 No. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Diagnosis pintar di jabatan kecemasan: semua dalam amalan. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Diagnosis pintar di jabatan kecemasan: semua dalam amalan.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. dan Gurgulianis, Ki Diagnosis Pintar Covid-19 di Jabatan Kecemasan: Segala-galanya dalam Amalan.Muliou DS, Pantazopoulos I. dan Gurgulyanis Ki Diagnosis Pintar Covid-19 di jabatan kecemasan: integrasi akhir-ke-akhir dalam amalan. Pakar Reverend Respire. ubat. 3, 263-272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Penilaian ID Covid19 Sekarang EUA Assay. Mitchell, SL & St George, K. Penilaian ID Covid19 Sekarang EUA Assay.Mitchell, SL dan St. George, K. Penilaian Covid19 ID sekarang EUA assay.Mitchell SL dan St. George K. Penilaian ID Covid19 Sekarang EUA Assay. J. Klinikal. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Pengesanan Makmal Penyakit Coronavirus 2019 (Covid-19) dalam disyaki penyakit manusia. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diakses 15 Ogos 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis Covid-19: Penyakit dan Alat Ujian. ACS Nano 14 (4), 3822-3835 (2020).
Syed S. et al. Penubuhan Kolej Patologi Timur, Tengah dan Selatan Afrika - Sekolah Serantau Patologi Timur Tengah dan Afrika Selatan. Afrika. J. Lab. ubat. 9 (1), 1-8 (2020).
Institut Kesihatan Awam Ethiopia, Kementerian Kesihatan Persekutuan. Strategi dan Panduan Nasional Interim untuk Diagnosis Makmal Covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (diakses 12 Ogos 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, sebagai ujian negatif palsu untuk cabaran dan implikasi jangkitan SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, sebagai ujian negatif palsu untuk cabaran dan implikasi jangkitan SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim sebagai ujian palsu-negatif untuk jangkitan SARS-COV-2 dan akibatnya.Voloshin S., Patel N. dan Kesselheim sebagai ujian palsu-negatif untuk provokasi dan kesan jangkitan SARS-COV-2. N. Eng. J. Perubatan. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kes-kes positif dan palsu-negatif Covid-19: Pencegahan pernafasan dan strategi pengurusan, vaksinasi, dan perspektif selanjutnya. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kes-kes positif dan palsu-negatif Covid-19: Pencegahan pernafasan dan strategi pengurusan, vaksinasi, dan perspektif selanjutnya. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki ложопопожите perhatian и лноотрицатете hadapan covid-19: " Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kes-kes Positif Positif dan Palsu Palsu Covid-19: Strategi Pencegahan dan Rawatan Pernafasan, Vaksinasi dan Jalan ke hadapan.Muliu, DS dan Gurgulianis, KI Kes-kes positif dan palsu-negatif Covid-19: Strategi untuk pencegahan dan rawatan pernafasan, vaksinasi dan jalan ke hadapan. Pakar Reverend Respire. ubat. 15 (8), 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosis di Jabatan Kecemasan: Melihat pokok itu tetapi kehilangan hutan. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosis di Jabatan Kecemasan: Melihat pokok itu tetapi kehilangan hutan.Mouliou, DS, Ioannis, P. dan Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosis di Jabatan Kecemasan: Lihat pokok itu, kehilangan hutan.Muliou DS, Ioannis P., dan Konstantinos G. Covid-19 diagnosis dalam bilik kecemasan: tidak cukup hutan untuk pokok-pokok. Muncul. ubat. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Pengesahan dan pengesahan prestasi analisis dan klinikal Abbott Realtime SARS-COV-2. J. Klinikal. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Molai, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari rantau genom yang berlainan Covid-19 untuk mengesan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional. Molai, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan lima set primer dari pelbagai kawasan genom Covid-19 untuk mengesan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional.Molai, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneyestanaki, D., Fazlalipour, M. dan Aflatunyan, B. Perbandingan lima set primer dari pelbagai kawasan genom Covid-19 untuk mengesan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional. Molei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组, 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Molai, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan 5 kawasan genetik yang berbeza dari Covid-19 untuk mengesan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional.Molaii HR, Afshar AA, Kalantar-Nneyestanaki D, Fazlalipour M. dan Aflatunyan B. Perbandingan lima set primer dari pelbagai kawasan genom Covid-19 untuk mengesan jangkitan virus oleh RT-PCR konvensional.Iran. J. Mikrobiologi. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Keputusan awal Program Penilaian Kualiti Luar Negara untuk mengesan urutan genom SARS-COV-2. J. Klinikal. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Penilaian analisis keberkesanan lima kit RT-PCR untuk sindrom pernafasan akut yang teruk coronavirus 2 J. J. Klinikal. makmal. dubur. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Penilaian tujuh kit pengesanan RNA SARS-COV-2 yang tersedia secara komersil di China berdasarkan tindak balas rantai polimerase masa nyata (PCR). klinikal. Kimia. makmal. ubat. 58 (9), E149 -E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Perbandingan tujuh kit diagnostik RT-PCR Covid-19 komersial. J. Klinikal. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Perbandingan prestasi diagnostik dua kit PCR untuk mengesan asid nukleik SARS-COV-2. J. Klinikal. makmal. dubur. 34 (10), E23554 (2020).
LEFART, PR, dan lain-lain. Kajian perbandingan empat platform penguatan asid nukleik SARS-COV-2 (NAAT) menunjukkan bahawa prestasi ID sekarang telah direndahkan dengan ketara bergantung kepada pesakit dan jenis sampel. diagnosis. Mikrobiologi. Menjangkiti. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molekul. Sisipan pakej analisis SARS-COV-2 Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Sehingga 10 Ogos 2020) (2020).
Klein, S. et al. Pengasingan RNA SARS-COV-2 menggunakan manik magnet untuk pengesanan berskala besar pesat oleh RT-qPCR dan RT-lampu. Virus 12 (8), 863 (2020).